Les Guides et Scouts d'Europe se sentent appelés "de façon irrésistible" à répondre au cri du Pape slave qui souhaite que l'Europe se retrouve, redécouvre ses origines, ravive ses racines et reconstruise son unité spirituelle. Désormais l'association des Guides et Scouts d'Europe est une association reconnue par l'Église de France.
Le 3 aôut 1994, pendant l'Eurojam, d'un immense succès, de Viterbo en Italie pour les éclaireuses et éclaireurs, le pape Jean-Paul II accueille les 7 500 garçons et filles participants de l'Eurojam, en audience privée dans la basilique Saint-Pierre de Rome. En 1995, création de l'association polonaise. De nouveaux défis sont proposés, les "patrouilles cimes" développent une saine émulation qui rejaillit sur la qualité du scoutisme pratiqué. En août 1999, 500 routiers se retrouvent à Saint-Jacques-de-Compostelle.
Le 13 septembre 1998, le pape Jean-Paul II s'adresse au scoutisme catholique : "À l'approche de l'an 2000, je souhaite vivement que le mouvement scout continue à se laisser interroger sur sa façon de vivre de manière plus radicale les engagements évangéliques et à donner un témoignage de collaboration harmonieuse et de communion. En ce sens, il sera important de reconnaître toujours d'avantage les sensibilités propres de certaines unités au sein même des fédérations, dans une volonté de dialogue et de compréhension. Il serait aussi particulièrement significatif que l'unité du mouvement scout, parfois brisée dans le passé, se réalise au cours du grand Jubilé, ainsi, aux yeux du monde, serait donné un témoignage de l'amour fraternel et de la réconciliation, qui permettent de reconnaître les disciples du Seigneur (cf. Jn 4,7-9)"
En mars 2000, le Livre Blanc présente de façon claire et précise les orientations du Mouvement. En juin 2000, le rapport d'Inspection générale est remis au ministre de la Jeunesse et des Sports, Madame Buffet, qui reçoit les commissaires généraux et le président en juillet. L'agrément des Guides et Scouts d'Europe est confirmé.
Sur proposition des GSE, le père Christian-Marie Gallois de la Congrégation des chanoines réguliers de Marie, Mère du Rédempteur, est nommé Conseiller religieux des équipes nationales par Mgr Soubrier. En août 2003 le Saint Siège reconnaît l'UIGSE comme Association privée de laïcs de droit pontifical (décret). Cette reconnaissance a lieu alors que 9000 éclaireurs et éclaireuses se retrouvent à Zelasko en Pologne pour l'Eurojam guidé par une devise chère au Pape: "Duc in Altum" (Message du pape pour l'Eurojam).